آزمایشگاه اتو ایمنی مرکز از سال ۱۳۹۷ با راه اندازی تست ارزیابی آنتی نوکلئار آنتی بادی (ANA) با روش ایمونوفلورسنت و ایمنو بلات آغاز به کار نموده است. همچنین از سال ۱۳۹۸ انجام تست های غربالگری در تشخیص بیماری نوتروپنی اتوایمون راه اندازی شده است و لازم به ذکر است که نتایج تست ها با  همکاری آزمایشگاه رفرنس در آلمان ارائه می گردد.
علاوه بر این تست های آزمایشگاهی، چندین طرح تحقیقاتی در زمینه بیماریهای اتوایمیون و بیماری کوید ۱۹ در حال انجام می باشد.